In base all'articolo 7 del d.P.C.M. 98/2014, le attività connesse a programmazione, monitoraggio e attuazione di programmi e iniziative finanziate con i Fondi strutturali europei e con i fondi per le politiche di coesione in materia di istruzione sono di competenza:
| del dipartimento per il sistema educativo di istruzione e di formazione | |
| della direzione generale per gli ordinamenti scolastici e la valutazione del sistema nazionale di istruzione | |
| della direzione generale per interventi in materia di edilizia scolastica, per la gestione dei fondi strutturali per l'istruzione e per l'innovazione digitale | |
| della direzione generale per i contratti, gli acquisti e per i sistemi informativi e la statistica |