A norma dell'articolo 3 del d.P.C.M. 98/2014, gli Uffici Scolastici Regionali dipendono funzionalmente:
| dal solo Capo del Dipartimento per la formazione superiore e per la ricerca | |
| dal solo Capo del Dipartimento per la programmazione e la gestione delle risorse umane, finanziarie e strumentali | |
| dal solo Capo del Dipartimento per il sistema educativo di istruzione e formazione | |
| dai Capi dei Dipartimenti, in relazione alle specifiche materie da trattare |